Os jacarés são ovíparos. Nascem de ovos. Mas os ovos não são chocados com a mamãe sobre eles, como acontece com outros ovíparos. Ela coloca seus ovos (cerca de 40 a 50) sobre um ninho que prepara com folhas, galhos e terra perto das margens do rio ou lago. Então, fica à espreita para defender seus filhotes de possíveis predadores. Os ovos amadurecem ao calor do sol e da decomposição dos materiais do ninho, levando cerca de 60 dias para eclodir. Os jacarezinhos correm muito risco de serem devorados por outros animais. A mamãe jacaré cuida deles por cerca de um ano.
O jacaré-de-papo-amarelo está em perigo de extinção, pois seu habitat, a Mata Atlântica, é um ambiente muito impactado pelo crescimento populacional e consequente desmatamento. Se vier a ocorrer, o desaparecimento do jacaré-de-papo-amarelo pode provocar desequilíbrio ecológico e aumentar o surgimento de espécies invasoras.